Эти пещеры созданы во времена периода процветания и возрождения Индуизма. Индусские пещеры представляют собой совершенно иной стиль творческого видения и умения, чем Буддийские пещеры. Индусские храмы были вырезаны сверху донизу, и потребовалось несколько поколений мастеров и архитекторов, чтобы они приняли свою существующую форму.

Есть 17 индусских пещер во всем комплексе (под номерами 13 - 29), которые были вырезаны между 600 и 870 годами нашей эры. Они занимают центральную часть пещерного комплекса, группируясь вокруг известного храма Кайласа.
В отличие от спокойных и торжественных ранних пещер, стены индусских пещер содержат оживленные барельефы, изображающие события из писаний Индуизма. Все пещеры посвящены богу Шиве, но есть и некоторые изображения Вишну и его различных воплощений. Пещера 14 относится к ранним 600-ым годам и была преобразована из буддийской пещеры - Вихара. Ее длинные стены украшены великолепным резными фигурами, а вход в святилище охраняют богини рек Ганга и Ямуна. Внутри ниши находится статуя богини плодородия (Сапта Матрикас) с пухлыми младенцами на коленях. Справа находятся статуи богини Ганеш и Кали.
Пещера 15 также была первоначально буддийской пещерой. На первом этаже в основном неинтересно, а на верхнем этаже расположены одни из самых лучших скульптур в Эллора. Вдоль правой стенки находится несколько панелей, на которых изображены пять из десяти воплощений Вишну или аватаров, из-за которых пещера получила свое название, Дас Аватара. Панель справа от входа отражает превосходство Шиваизма в регионе в то время - Шива выходит из Линга, пока его соперники Брахма, Вишну стоят в смирении и мольбе. Самые элегантные скульптуры Пещеры находятся на левой стене камеры: они изображают Шива Натараджа, как космического танцора.

Самая заметная из индусских пещер (Пещера 16) не пещера вовсе, а великолепные храмы, вырезанные из твердой скалы, и покрытые тончайшими узорами из камней. Она представляет собой гору Кайлас, "обитель Господа Шивы", и называется Кайласхнатх, Кайлаш, Кайлас или просто храм. Первоначально стены в храме были покрыты толстым слоем белой штукатурки, чтобы она выглядела как снежные горы. Храм Кайлаш представляет собой грандиозное произведение архитектуры, интересные пространственные эффекты и разнообразные скульптуры. Считается, что его строительство было начато царем Расхтракута Кришны I (756-773 гг.). Строительство этого храма было подвигом человеческого гения - в частности, его строительство предполагало удаление 250000 тонн горной породы, заняло 100 лет и занимает площадь в два раза больше площади Парфенона в Афинах.
Большое количество индусских пещер протягиваются вниз по склону к северу от Кайлаш, но только три из них стоит обязательно посетить: 21, 25 и 29. Пещера 21, Рамесвара, датируется концом 500 года и считается старейшей индусской пещерой в комплексе Эллора. Она содержит несколько прекрасных скульптур, в том числе пару речных богинь, два изображения покровителей храма и несколько фигур влюбленных (mithunas) на стенах балкона. Пещера 25 содержит скульптуру бога солнца Сурья на своей колеснице, направляющейся к рассвету. Эта пещера также имеет необычный для конца 500-ых годов крестообразный план. Пара львов "охраняют" три лестницы к этой пещере. Внутри стены покрыты большим фигурами. Слева от входа, Шива убивает демона Андхака, и изображение Парвати в верхней части горы Кайлаш.