Сверху, Боднатха ступа выглядит гигантской мандалой, или диаграммой буддийского космоса. И как все тибетские мандалы, четыре из Дхиани Будд являются знаком света, а пятый Будда, Вайрокана, закреплен в центре (в белом полушарии ступы). Эти пять Будд также олицетворяют пять элементов (земля, вода, огонь, воздух и эфир), которые представлены в Архитектуре ступы.

Существуют и другие символические значения: девять уровней Боднатх ступы представляют мифическую гору, Мера, центр космоса, а 13 колец от основания до вершины символизируют путь к просветлению, или "Бодхи" - отсюда и название ступы. На дне, ступа окружена неровными 16 односторонними настенными фресками. В дополнение к Дхьяни Будде, Боднатх ступа, тесно связана с Бодхисаттвой Авалокитешвары (Падмапани), чьи 108 форм изображены на скульптурах вокруг базы. Мантра Авалокитешвары - Ом Мани Падме Хум - вырезана на колесе молитв рядом с изображением Авалокитешвары, вокруг основания ступы. Основа ступы состоит из трех больших площадок, уменьшающихся в размере. Эти платформы символизируют Землю, а набожные монахи, которые делают кора, т.е. ходят вокруг ступы, молятся и произносят песнопения.
Далее следуют два круговых плинтуса, которые поддерживают полушария ступы, символизируя воду. Боднатх ступа увенчана квадратной башней с вездесущими глазами Будды на все четыре стороны. Вместо носа появляется вопросительный знак, который фактически является непальским символом для числа "1", символизируя единство и единственный способ достичь просветления - через учение Будды. Над ним находится третий глаз, символизирующий мудрость Будды.
Квадратная башня расположена во главе пирамиды с 13-тью ступенями, представляющими "путь к просветлению". Треугольная форма пирами является абстрактным изображением элемента огня. На вершине башни расположен позолоченный купол, который является воплощением воздуха, над ним позолоченный шпиль, символизирующий эфир и Будду Вайрокана. Молитвенные флаги привязаны к ступе, считается, что развеваясь на ветру, они несут мантры и молитвы на небеса. Главный вход в верхнюю площадку Боднатха ступы
расположен на северной стороне. Здесь есть изображение Амогхасиддхи, прародителя будущего Будды. Ниже Амогхасиддхи изображен Будда Майтрея, будущий Будда. Ближайшие к Боднатх ступе улицы и узкие улочки с красочными домами, являются именно теми местами, где расположены тибетские буддийские монастыри, и лавки уличных торговцев. Во время праздника Лосар (Тибетский Новый год), в феврале или марте, Боднатх ступа является центром празднований Нового года в Непале.